Chính thể Yamato, nổi lên vào cuối thế kỷ 5, tiêu biểu bởi các lãnh chúa hùng mạnh, các gia tộc và những cận thần của họ. Mỗi gia tộc do một tộc trưởng đứng đầu. Tộc trưởng cũng là người tiến hành các nghi lễ tế thần (kami) của bộ tộc để cầu bình an cho bộ tộc. Các thành viên của dòng họ tộc trưởng là những quý tộc và có vai trò quan trọng trong triều đình Yamato. Các lãnh chúa địa phương trong thời Yamato sau đó trở thành những thành viên của triều đình hoàng gia vào đầu thời kỳ Asuka.

Việc triều đại Yamato bắt đầu từ bao giờ vẫn còn là một việc gây tranh cãi. Sự thống trị trên toàn lãnh thổ Nhật Bản có lẽ chỉ bắt đầu từ cuối thời kỳ Kofun hoặc vào đầu thời kỳ Asuka.

Thời kỳ Asuka, một phân kỳ của thời kỳ Yamato, là giai đoạn đầu tiên trong lịch sử Nhật Bản có một vương triều Nhật Bản cai trị tương đối hoàn chỉnh vùng đất nay thuộc tỉnh Nara, còn khi đó được gọi là tỉnh Yamato.

Triều đình Yamato, tập trung ở vùng Asuka, áp đặt quyền lực lên các lãnh chúa ở Kyushu và Honshu, phong tước hiệu, một số được cha truyền con nối, cho các lãnh chúa ở đó. Cái tên Yamato bắt đầu được dùng để chỉ chung cả Nhật Bản từ khi triều đình Yamato áp chế được các lãnh chúa địa phương và kiểm soát đất đai nông nghiệp. Dựa theo hình mẫu Trung Quốc (bao gồm cả việc tiếp thu chữ Hán), triều đình Yamato phát triển một hệ thống hành chính tập trung với các buổi thiết triều có sự tham gia của những người đứng đầu các bộ tộc nhưng vẫn chưa có thủ đô chính thức. Vào giữa thế kỷ 7, diện tích đất nông nghiệp biến thành đất công, do chính sách cai trị tập trung, đã là khá lớn. Đơn vị hành chính cơ bản nhất của hệ thống Gokishichido là cấp xã, và xã hội được tổ chức thành các nhóm phường hội làm các nghề khác nhau. Hầu hết là nông dân, ngoài ra còn có ngư dân, thợ dệt, thợ làm đồ gốm, thợ trang trí nhà cửa, thợ làm đồ sắt và những người có trách nhiệm đặc biệt trong các nghi lễ tôn giáo.

Triều đình Yamato có quan hệ với vương quốc Gaya trên bán đảo Triều Tiên. Khi đó, người Nhật gọi vương quốc Gaya là Mimana. Có những cứ liệu khảo cổ học từ các lăng mộ thời kỳ Kofun cho thấy có sự tương đồng về hình dáng, nghệ thuật và các lớp vải phủ ngoài của những đồ vật chôn theo. Một nguồn khác cũng đề cập tới mối liên hệ này là cuốn Nihon Shoki. Trong một thời gian dài, các sử gia Nhật Bản cho rằng Gaya là một thuộc địa của Yamato, một giả thuyết giờ đây đã bị bác bỏ. Một giả thuyết khác dễ được chấp nhận hơn là cả những quốc gia ở Triều Tiên và Nhật Bản khi đó đều là chư hầu của các triều đình nhà Tùy và nhà Đường ở Trung Quốc.